No campo religioso, São Miguel Paulista possui uma Diocese, dirigida por Dom Fernando Legal, diversas igrejas evangélicas e centros espíritas.
Uma importante referência religiosa de São Miguel Paulista, foi o Padre Aleixo Monteiro Mafra, nascido na cidade paulista de Guaratinguetá no dia 11 de Fevereiro de 1.901. Padre Aleixo chegou no bairro para tomar posse de sua paróquia (velha capela), no dia 02 de Março de 1.941. A praça que hoje leva seu nome em uma justa homenagem, chamava-se Praça Campos Sales. A Igreja Matriz de São Miguel era ainda a velha capela construída em 1.622 e mal comportava 200 pessoas. Padre Aleixo era obrigado a rezar várias missas dominicais para que todos os fiéis pudessem assistir. Quando Padre Aleixo assumiu a paróquia, o bairro possuía cerca de oito mil habitantes; dez anos depois, já eram quase quarenta mil, razão pela qual, a Subprefeituraquidiocese de São Paulo achou necessária a construção de uma nova Igreja Matriz, em conjunto com Padre Aleixo.
No dia 13 de Janeiro de 1.952, finalmente foi assentada a pedra fundamental da nova Igreja Matriz, com a presença de personalidades civis e eclesiásticas. No dia 29 de Março de 1.964, Padre Aleixo foi afastado da Paróquia de São Miguel Paulista pela Cúria Diocesana, após 23 anos de serviços prestados. Seu afastamento não foi devidamente esclarecido, tendo causas contraditórias. Em 22 de Agosto de 1.965 é inaugurada a nova Igreja Matriz. Dessa forma, a velha capela que estava ligada ao antigo tempo colonial, cede lugar à nova Matriz, tornando-se apenas um patrimônio histórico e artístico na Praça Padre Aleixo Monteiro Mafra.
Com a perda da paróquia onde havia trabalhado com afinco durante tantos anos, Padre Aleixo sofreu um abalo de saúde e de saudade e no dia de seu 66º aniversário, 11 de Fevereiro de 1.967, vem a falecer.
Capela - Praça Padre Aleixo Monteiro Mafra
