A estrutura organizacional do IPREM foi estabelecida pelos Decretos Municipais n° 19.308, de 30 de novembro de 1983, e n° 21.848, de 6 de janeiro de 1986. O órgão é dirigido por um Superintendente e um Chefe de Gabinete, que contam com o auxílio técnico de Diretores, Assessores e por um Conselho Deliberativo e um Conselho Fiscal.
O Conselho Deliberativo é composto por oito servidores da Prefeitura Municipal de São Paulo, quatro nomeados pela Administração quatro eleitos de forma direta pelos próprios servidores. Já o Conselho Fiscal conta com seis servidores, três nomeados e três eleitos de forma direta por servidores ativos, inativos e pensionistas. Com a publicação da Lei 13.973/05 o Iprem passou a ser o órgão gestor único de previdência no município de São Paulo.
